Cum a evoluat varianta Omicron a virusului SARS-CoV-2?

Un nou studiu, care nu a fost încă supus unei evaluări, disponibil pe serverul bioRxiv, își propune să explice evoluția virusului SARS CoV-2 care a condus la apariția variantei Omicron, folosind filogenia și analiza mutațională bazată pe întreg genomul.
În cadrul studiului, oamenii de știință au examinat profilul mutațional al diferitelor variante ale virusului SARS-CoV-2, pentru a investiga apariția variantei Omicron. Cercetătorii au identificat și procurat 477 de genomi SARS-CoV-2, inclusiv 130 de genomi ai variantei Omicron. Toți genomii au fost supuși unor studii computaționale pentru analiză filogenetică și analiză mutațională. Analiza filogenetică poate dezvălui cea mai apropiată rudă a variantei Omicron, în timp ce analiza mutațională poate dezvălui modificările în genomul viral.

Filogenia bazată pe genom întreg a arătat două filogrupuri majore: PG-I și PG-II. Tulpina de referință a SARS-CoV-2 a fost luată ca un grup extern. PG-I a inclus variantele gamma, beta, delta, mu și varianta sub monitorizare (VUM), în timp ce PG-II a inclus variantele alfa, Omicron și lambda. Trei tulpini de omicron izolate din Italia au format o sub-linie diversificată în cadrul populației de Omicron și o tulpină din Germania a fost o tulpină de Omicron diversificată. Astfel, filogenia a descris că noua variantă a virusului împărtășește un ascendent comun cu varianta lambda.

În toate genomurile analizate, au fost detectate peste 24.000 de mutații, dintre care 18.261 se aflau în genomul Omicron. Dintre acestea, mai mult de 97% se aflau în regiunea de codificare, iar restul se aflau în regiunea extragenă a genomului. Proteina spike a avut peste 10.000 de mutații, ceea ce constituie aproximativ 60% din totalul mutațiilor în regiunea genomică de codificare.

Indiferent de originea lor geografică, majoritatea tulpinilor au avut mai puțin de zece mutații reprezentând o diversitate scăzută intra-tulpină între tulpini. Omicron a avut mai mult de 55 de mutații în comparație cu alte variante alte virusului. Două tulpini din Italia și două din Africa de Sud au fost cele mai diversificate dintre genomii Omicron. În concluzie, studiul arată că variantele delta și omicron nu au un ascendent comun. Varianta Omicron împărtășește însă un ascendent comun cu lambda VOI. Varianta Omicron evoluat în principal din cauza mutațiilor non-sinonime.

sursa: Medical News