O țintă mică descoperită pe ARN pentru a scurtcircuita inflamația

ARN-urile lungi necodante (lncRNAs) constituie cea mai mare grupă de gene transcrise din genomul uman, cu peste 20.424 de tipuri identificate până în prezent. Aceste molecule sunt implicate în diverse procese biologice, inclusiv în diferențierea celulară și imunitate. Cu toate acestea, funcțiile multora dintre acestea rămân necunoscute, iar studierea lor a fost limitată de lipsa unor metode specifice și fiabile de țintire, în special în format high-throughput. Recent, tehnologia CRISPR de inhibare (CRISPRi) a îmbunătățit capacitatea de a studia lncRNAs prin inducerea unor marcaje cromatine represive la locul de start al transcripției.
Au fost efectuate două screening-uri CRISPRi în celule monocitice umane (THP1s) pentru a identifica lncRNAs care reglează diferențierea de la monocite la macrofage și modularea semnalizării NFkB. Screening-ul a utilizat o bibliotecă de sgRNA care țintește peste 2.000 de lncRNAs exprimate în THP1s, descoperind 35 de reglatori ai NFkB și 38 de lncRNAs implicati în diferentierea macrofagelor.

Rezultate

Unul dintre cele mai notabile rezultate a fost identificarea lncRNA LOUP ca un factor important în ambele procese. LOUP se află în vecinătatea genei SPI1, un factor de transcripție esențial pentru dezvoltarea monocitelor și macrofagelor. Studiile ulterioare au arătat că LOUP are un efect de reglare cis asupra genei SPI1, fiind implicat în structurarea cromatinei într-un domeniu asociativ topologic (TAD) conservat între specii, ceea ce subliniază importanța sa trans-specii.

Descoperirea că LOUP reglează negativ semnalizarea NFkB prin peptide scurte codate (SEPs) deschide noi direcții pentru înțelegerea modului în care lncRNAs pot influența răspunsul imun și inflamația. Acest studiu ilustrează puterea screening-urilor CRISPRi de mare capacitate în descifrarea funcțiilor complexe ale lncRNAs în contextul imunității innate și subliniază rolul dual al acestor molecule în reglarea genică.

Concluzie

Lucrarea extinde cunoștințele despre rolul lncRNAs în biologia macrofagelor și semnalizarea inflamatorie, evidențiind potențialul terapeutic al țintirii acestora în tratamentul tulburărilor inflamatorii. Studiul subliniază importanța continuării explorării lncRNAs în sisteme imune pentru a descoperi noi reglatori și mecanisme care stau la baza răspunsurilor imune și inflamatorii.

sursa: Science Daily