O tehnică de cartografiere a genelor, folosită pentru a obține informații despre bolile inflamatorii intestinale

Folosind o tehnică numită transcriptomică spațială, cercetătorii de la Institutul Karolinska au analizat expresia genelor în colonul șoarecilor de laborator și au creat o hartă care arată unde sunt exprimate genele individuale în țesut. În urma suprapuneri datelor pe o hartă de transcripție umană, cercetătorii au obținut noi perspective asupra bolii inflamatorii intestinale (IBD).
Grupul de cercetători a folosit tehnica pentru a mapa activitatea genelor celulelor individuale din colonul murin. Potrivit cercetătorilor, aceasta este prima dată când cineva a reușit să vizualizeze peisajul expresiei genice a întregului intestin, în stare de sănătate și de recuperare după leziune. „Vizualizarea noastră bazată pe transcriptomica spațială ne-a permis să descoperim câteva aspecte necunoscute anterior, cum ar fi faptul că intestinul gros (colonul) este împărțit în mai multe segmente decât se credea anterior”, declară autorul corespondent al studiului, Eduardo Villablanca, profesor în Departamentul de Medicină la Institutul Karolinska.

În urma combinării rezultatelor cu datele de transcripție cunoscute din țesutul uman, oamenii de știință au observat faptul că locația anumitor celule intestinale a fost aceeași atât la șoareci, cât și la oameni, ceea ce face din model un instrument pentru înțelegerea modului în care diferite boli, cum ar fi IBD, afectează colonul. Într-un studiu anterior, un grup de cercetare condus de Villablanca a arătat că rectocolita ulcerohemoragică (colita ulceroasă) poate fi împărțită în două subgrupe cu expresii genetice diferite.

Transcriptomica spațială, dezvoltată la SciLifeLab de oamenii de știință de la Institutul de Tehnologie KTH Royal și Institutul Karolinska, permite vizualizarea expresiei genelor în țesut. Cu toate acestea, pentru a vizualiza un organ tubular lung precum colonul, cercetătorii suedezi care au condus studiul actual au aplicat tehnica într-un mod nou. Astfel, aceeași tehnică ar putea fi folosită în viitor pentru a crea un atlas similar pentru toate organele digestive, de la gură până la rect. „Scopul nostru este de a crea o hartă de referință pentru expresia genică a tuturor acestor țesuturi”, declară Villablanca.

sursa: Science Daily
foto: Gene expression programs in specific compartment of the murine colon. Credit: Ludvig Larsson.