O nouă bază națională de date privind COVID-19 vine în ajutorul cercetătorilor

Cercetătorii din Centrul de Reglementare Genomică au lansat o nouă bază de date internaţională, cu scopul de a ajuta la avansarea studiilor actuale despre Covid-19.
Există la momentul actual o resursă disponibilă, publică şi gratuită (https://covid.crg.eu), ce poate fi utilizată de cercetătorii din întreaga lume pentru studierea acestui virus, din punct de vedere al variaţiilor suferite, al mutaţiilor şi al producţiei de proteine.

Scopul acestei baze de date este de a găsi punctele slabe prin care acest virus să poată fi combătut. Cu toate acestea, tehnologiile noi de studiere SARS-CoV-2, precum secvenţierea ARN-urilor nanopore, sunt atât de noi, încât rezultatele unei lucrări, nu pot fi comparate cu altele. Cercetătorii prelucrează aceste date, astfel încât ele să îndeplinească un standard universal comparabil care să poată fi mult mai de ajutor în viitor pentru cât mai mulţi oameni de ştiintă.

Pentru a înţelege cum funcţioneză acest virus, ce mutaţii poate suferi şi cum se poate replica, necesită un proces de secvenţiere a ARN-ului. Această secvenţiere oferă informaţii despre proteinele eliberate de virus pentru a realiza invazia celulei gazde umane. Secvenţierea ARN-ul nanopor reprezntă o tehnologie nouă ce oferă acces clinicienilor şi cercetătorilor la secvenţele de ADN şi ARN ale oricărei celule vii, în timp real, permiţând un răspuns rapid împotriva unei posibile ameninţări ale pandemiei.

Cu toate acestea, aceste date încă sunt extrem de complexe şi nu sunt încă pe deplin cunoscute. Astfel, oamenii de ştiinţă nu au îndrumări în acest sens, limitând potenţialul acestei tehnologii.

Julia Ponomarenko, director al Unităţii de Bioinformatică la CRG, susţine că o infrastructură ce ar putea dura ani de zile până la înfiinţarea cercetării unui virus emergent, se poate face acum doar în câteva zile datorită noilor abordări de calcul ştiinţific.

Noul sistem creat, Master Of Pores, poate fi executat de pe orice sistem de operare compatibil Unix, fie cluster, fie cloud, fără a mai necesita instalarea unor programe software complicate, fiind disponibil gratut şi în Github. Cercetătorii de la CRG, vor continua să actualizeze constant această resursă cu date noi, din momentul în care acestea vor fi disponibile.

sursa: Science Daily